- 阮雪芬老師發表的論文Differential MicroRNA Regulation Correlates with Alternative Polyadenylation Pattern between Breast Cancer and Normal Cells. PLoS ONE 8(2): e56958 (2013)，分析乳癌細胞及正常細胞的高通量定序資料，並利用統計方法計算，在癌細胞中微型核醣核酸表現量增加會使微型核醣核酸標地核醣核酸的長異構體易被分解，因而造成長短異構體比率變低；替代多聚腺(艸甘)酸化模式會導致微型核醣核酸異構體具不同長度的三端未轉譯區域，本篇文章提供證據解釋為何微型核醣核酸在從正常細胞轉變成癌化細胞的替代多聚腺(艸甘)酸化模式轉移中扮演重要的角色。
- 阮雪芬老師發表的論文 Middle Infrared Radiation Induces G2/M Cell Cycle Arrest in A549 Lung Cancer Cells. PLoS ONE 8(1): e54117 (2013) ， 指出中紅外光會 抑制肺腺癌細胞生長 ， 同時也 顯示中紅外光可藉由改變細胞骨架，並透過活化 DNA 傷害引起有關的調控路徑而抑制細胞周期進行 ，這個研究提供癌症治療有用的資訊。 本篇文章獲選為 PLoS 部落格癌症研究宣傳照 ( http://blogs.plos.org/everyone/2013/04/02/plos-one-goes-to-washington-d-c-for-aacr-come-visit-us/ )
- 阮雪芬老師發表的論文 ValidNESs: a database of validated leucine-rich nuclear export signals. Nucleic Acids Research 41(D1):D338-D343 (2013) ，建立一個新的資料庫 ValidNESs ，提供實驗證實之富含亮氨酸核輸出信號的蛋白質。染色體區域維護 1 （ CRM1 ）調節的核輸出路徑和其貨物蛋白 (cargo proteins) 與疾病相關，最近幾年更已經被認為具有治療的潛力，本資料庫可提供生物學家可信且有用的研究資料。
- 阮雪芬老師發表的論文 Lengthening of 3'UTR increases with morphological complexity in animal evolution . Bioinformatics 28(24):3178-3181 (2012) ，藉由分析後生動物的 mRNA 轉錄產物結構，測量每個物種細胞型態的數目而觀察到三端未轉譯區域的長度和型態的複雜性有一個驚人的指數關係，進而推論在後轉錄調控迴路上，三端未轉譯區域的長度和其相當的指數擴張對於在動物進化上新細胞型態的出現具有極大貢獻。
- 阮雪芬老師發表的論文 Phosphoproteomic analysis of Rhodopseudomonas palustris reveals the role of pyruvate phosphate dikinase phosphorylation in lipid production . Journal of Proteome Research 11(11):5362-5375 (2012) ，首次分析光合菌 Rhodopseudomonas palustris 磷酸化蛋白質體 ， 並發現 此菌在光合異營生長過程中， 丙酮酸磷酸二激酉每藉由調節蘇氨磷酸化，而 在 生質能源原料脂質生合成上 扮演重要角色。
- 王致恬老師發表的論文 Synaptotagmin I Regulates Patterned Spontaneous Activity in the Developing Rat Retina via Calcium Binding to the C2AB Domains. PLoS ONE 7(10):e47465 (2012). 發現在突觸前神經元調控胞吐作用的蛋白 Synaptotagmin I ， 會藉由其鈣離子的感應功能 ，進而 調控發育中的視網膜波，顯示調控神經傳導物質釋放的分子可影響大規模神經網絡的活動。
- 阮雪芬老師發表的論文 Ectopic ATP synthase blockade suppresses lung adenocarcinoma growth by activating the unfolded protein response. Cancer Research 72(18):4696-4706 (2012) ，確定了在肺癌細胞膜異位 ATP 合成酉每的分子功能，並提供證據顯示電子傳遞鏈蛋白複合體同時也出現在肺癌細胞膜上，為肺癌標靶治療提供一個新的契機。
- 阮雪芬老師發表的論文 Revealing the molecular mechanism of gastric cancer marker Annexin A4 in cancer cell proliferation using exon arrays. PLoS ONE 7(9):e44615 (2012) ，揭露膜聯蛋白 A4 在胃癌細胞增生上所扮演的角色及其調控路徑。
- 阮雪芬老師發表的論文 Helicobacter pylori disrupts host cell membranes, initiating a repair response and cell proliferation. International Journal of Molecular Sciences 13 :10176-10192 (2012) ，發現幽門桿菌會破壞胃細胞膜，並啟動膜的修補作用，最終導致細胞增生，此結果提供幽門桿菌致使胃癌形成的可能原因之一。
- 阮雪芬老師發表的論文 Crosstalk between transcription factors and microRNAs in human protein interaction network. BMC Systems Biology 6(1):18 (2012) ，闡明轉錄因子和微型核醣核酸在人類蛋白質網路上具有交叉影響之共同調控作用。
- 阮雪芬老師發表的論文 Revealing the anti-tumor effect of artificial miRNA p-27-5p on human breast carcinoma cell line T-47D. International Journal of Molecular Sciences 13 :6352-6369 (2012) ，提供證據顯示人工的微型核醣核酸在抗乳癌細胞的效用和可能作用機制。
- 吳益群老師發表的論文 Integrin alpha PAT-2/CDC-42 Signaling Is Required for Muscle-Mediated Clearance of Apoptotic Cells in Caenorhabditis elegans . PLoS Genet. 8(5): e1002663 (2012) ，發現一個可以辨識並移除死細胞的基因作用途徑，並提供證據顯示不同的細胞 ( 如表皮細胞或肌肉細胞 ) 會使用不同的辨識分子來清除死細胞。
- 吳益群老師發表的論文 C. elegans EIF-3.K Promotes Programmed Cell Death through CED-3 Caspase. PLoS ONE , 7(5): e36584 (2012) ，發現一個轉譯蛋白複合體的成員 EIF-3.K 會促進細胞凋亡，並預測該蛋白造成細胞凋亡的作用機制。
- Huang HY, J. T. Liu, H. Y. Yan and H. J. Tsai * . 2012. Arl6ip1 Plays a Role in Proliferation during Zebrafish Retinogenesis. Cells Tissues Organs. (in press) (SCI journal)
- Chen YH, H. C. Lee, R. J. Hsu, T. Y. Chen, Y. K. Huang, H. C. Lo, S. C. Hu, H. J. Harn, J. R. Jeng, C. K. Sun, S. Z. Lin and H. J. Tsai * . 2011. The toxic effect of Amiodarone on valve formation in the developing heart of zebrafish embryos. Reprod Toxicol . (in press) (SCI journal)
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0890623811005296
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Lee HC, Y. J. Chen, Y. W. Liu, K. Y. Lin , S. W. Chen, C. Y. Lin, Y. C. Lu, P. C. Hsu, S. C. Lee S and H. J. Tsai * . 2011. Transgenic zebrafish model to study translational control mediated by upstream open reading frame of human chop gene. Nucleic Acids Res. 39, e139. (in press) (SCI journal)
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0890623811005296
- 董桂書老師最近發表的論文”Nuclear localization of the meiosis-specific transcription factor Ndt80 is regulated by the pachytene checkpoint.” (Mol. Biol. Cell, Jun 1, 2011)被選為”Highlights from MBoC Selection”，也榮獲The Faculty of 1000 (F1000)推薦。
- 吳益群老師最近發表的論文Engulfment of apoptotic cells in C. elegans is mediated by integrin alpha/src signaling, Curr. Biol. 20:477-486 (2010)，首
度在生物體的層次上揭露integrin可辨識死細胞，作為吞噬受器，Curr. Biol.期刊邀
請知名學者Drs. Veera D'mello 與Raymond B. Birge 為該篇論文撰寫“Dispatch”
Curr. Biol. 20: R324-327 (2010)。
- 吳益群老師與中研院張煥正老師合作，發表論文 In vivo imaging and toxicity assessments of fluorescent nanodiamonds in Caenorhabditis elegans. Nano Lett. 10:3692-3699 (2010)，首度利用線蟲來評估螢光奈米鑽石在活體生物的毒性與 光學成像的應用，科學界的網路新聞PhysOrg.com以“Nanodiamonds could be used in disease diagnosis”為題(http://www.physorg.com/news203230792.html)，撰文報導該篇論文。Discovery news 也以“Swallowing diamonds could find what’s ailing
you”為題
(http://news.discovery.com/tech/nano-diamonds-diagnose-swallow.html)，報導該篇論文。
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