一、成立之目的
配合台大生命科學相關科系成立生命科學院，結合生命科學系與其他相關領域師資，以分子生物學、細胞生物學、遺傳學、發育生物學等為研究工具，探討模式生物的基因體功能、基因與細胞的結構與功能運作、發育與遺傳機制等問題，成立分子細胞生物學研究所，提供生命科學院相關科學課程之教學，訓練現代生物學專長人才，培育遺傳學、細胞生物學、發育生物學、與分子生物學相關近代生物科學之教學研究人才，以供國家發展生物科技，進行基因醫藥衛生與生農改良之現代化需要，並提升國內與國際生命科學主流研究的競爭能力。

現代生物學在DNA雙螺旋鏈的結構解開，中心教條確立後，分子生物學的蓬勃發展，讓人類以基因的分子層次直接的進入了生物個體構成的最小單位----細胞之中探討生物的結構與功能的作用機制與關係。

在人類和阿拉伯芥基因體定序計畫執行後的後基因體（post-genomis）時代，以分子生物學為工具探討細胞生物學為當前生命科學研究發展的重要主流，其中心課題在以分子生物學、細胞生物學、遺傳學、發生學、生物資訊學及基因繁殖等研究工具，探討生物體之基因在生物的結構與功能的分子作用機制，而模式生物的基因體功能、基因與細胞的結構與功能運作、人類疾病的細胞學機制、發育與遺傳機制以及轉殖植物之基因表現調控等均是未來發展的重要方向。

分子細胞生物學研究所將教授研究生現代生物學發展的趨勢，建立研究生由基因的分子層次瞭解染色體、細胞、組織、以及生物體的結構與功能的宏觀架構，啟發研究生經由模式生物的基礎研究進入高深與應用的分子細胞生物學研究領域。

二、本所與學校整體發展之評估
在歷經現代生物學的快速發展與基因體計劃的解序完成，生命科學的研究與應用，已經是二十一世紀世界上各個國家發展知識經濟必然要全力以赴的重大課題。配合台大成立生命科學院，本所將著重在以模式生物系統利用分子生物學、細胞生物學、遺傳學、發育生物學等研究工具，探討功能性基因體的研究，這項目標將與本校發展生命科學研究與本校其他研究所產生密切互動。

本所與本校其它分子生物學與細胞生物學相關研究所的關聯性
分子細胞生物學研究所將在分子細胞生物學的研究與教學上扮演最基層的角色，著重在模式生物系統中對染色體、細胞、組織、生物體在基因分子層次的研究，將與本校相關系所諸如理學院生物化學研究所、醫學院生化學與分子生物學研究所、醫學院分子醫學研究所、醫學院解剖與細胞生物學研究所與生命科學院同時將成立的生物功能研究所（或生命科學研究所）在研究目標、研究方向與教學方向有截然不同的區隔。理學院生物化學研究所著重在以生物化學的工具研究生物巨分子的結構與功能關係，較著重於基礎原理之闡發；醫學院生化學與分子生物學研究所著重於以生化學與分子生物學工具探討各種疾病與基因的關係，尤其著重蛋白質體組與生物巨分子的研究；醫學院分子醫學研究所著重於以分子生物學工具探討與醫藥、疾病相關基因的課題；醫學院解剖與細胞生物學研究所著重在細胞生物學與解剖科學在醫學疾病關係的研究。

本所除扮演生命科學院最基層的教學研究角色外，更期能與醫學院及農學院各相關研究所發揮互補的功能。

三、與本校其他生命科學相關系所的關聯性
分子細胞生物學研究所將在生命科學院的分子細胞生物學的研究與教學上扮演最基層的角色，著重在模式生物系統在染色體、細胞、組織、生物體層次的研究。此基礎功能將能與生態與演化學研究所，生命科學研究所，漁業科學研究所、生化科學研究所等在研究目標、研究方向與教學方向有截然不同的區隔，更能補足其他各所所需的分子生物學、細胞生物學、遺傳學、發生學、生物資訊學在研究與教學上的功能。

台大分子細胞生物學研究所的成立其造就的專才，當可對社會大眾提供下列各項服務：
(一) 為台大與其他大學相關科系研究所提供分子細胞生物學研究的專才
(二) 提供熟悉分子細胞生物學基礎原理且能應用此些原理解決實際問題之人才給業界

四、空間規劃
以現有生命科學館各老師所有研究室為空間，配合生科系共同使用共同教室實驗室與會議室。