本所與本校其它分子生物學與細胞生物學相關研究所的關聯性

分子細胞生物學研究所將在分子細胞生物學的研究與教學上扮演最基層的角色，著重在模式生物系統中對染色體、細胞、組織、生物體在基因分子層次的研究，將與本校相關系所諸如生命科學院生化科學研究所、醫學院生物化學暨分子生物學研究所、醫學院分子醫學研究所與醫學院解剖學暨細胞生物學研究所在研究目標、研究方向與教學方向有不同的區隔。生命科學院生化科學研究所著重在以生物化學的工具研究生物巨分子的結構與功能關係，較著重於基礎原理之闡發；醫學院生物化學暨分子生物學研究所著重於以生化學與分子生物學工具探討各種疾病與基因的關係，尤其著重蛋白質體組與生物巨分子的研究；醫學院分子醫學研究所著重於以分子生物學工具探討與醫藥、疾病相關基因的課題；醫學院解剖學暨細胞生物學研究所著重在細胞生物學與解剖科學在醫學疾病關係的研究。

本所除扮演生命科學院最基層的教學研究角色外，更期能與醫學院及生物資源暨農學院各相關研究所發揮互補的功能。

與本校其他生命科學相關系所的關聯性

分子細胞生物學研究所將在生命科學院的分子細胞生物學的研究與教學上扮演最基層的角色，著重在模式生物系統在染色體、細胞、組織、生物體層次的研究。此基礎功能將能與生態與演化學研究所，生命科學研究所，漁業科學研究所、生化科學研究所等在研究目標、研究方向與教學方向有不同的區隔，更能補足其他各所所需的分子生物學、細胞生物學、遺傳學、發生學、生物資訊學在研究與教學上的功能。

台大分子細胞生物學研究所的成立其造就的專才，當可對社會大眾提供下列各項服務：
(一) 為台大與其他大學相關科系研究所提供分子細胞生物學研究的專才
(二) 提供熟悉分子細胞生物學基礎原理且能應用此些原理解決實際問題之人才給業界